Przedmiotem ekspozycji pierwszego w Polsce Muzeum Wodociągów jest architektura przemysłowa przełomu XIX i XX w.: Hala Pomp znajdująca się na terenie ujęcia wody Las Gdański, przy ulicy Gdańskiej 242 i niegdyś połączona z nią siecią wodociągową Wieża Ciśnień, zbudowana przy ul. Filareckiej 1, na górnym tarasie miasta.
W obu miejscach uratowanych od zapomnienia i zniszczenia eksponowane są pamiątki: stare urządzenia, zdjęcia, dokumenty, makiety związane z wodociągami i przybliżające ich historię.
Przy ulicy Gdańskiej w ramach tzw. ścieżki edukacji ekologicznej eksponowane są liczne, głównie zabytkowe urządzenia wodociągowe: hydranty, zdroje uliczne i pompy. Podziwiać można replikę średniowiecznego rurmusa urządzenia przed wiekami usytuowanego koło kościoła farnego, za pomocą którego w XVI wieku ponad murem miejskim dostarczano do Bydgoszczy wodę z Brdy. Obejrzeć można współczesne urządzenia: pompy, zasuwy, zawory… Zajrzeć do piętrowego kanału wodno-ściekowego z końca XIX wieku, będącego 15-metrową repliką podobnej budowli, której kilometry skryte są pod ziemią. W Wieży Ciśnień eksponowane są, między innymi: drewniane rury wodociągowe, żetony na wodę, elementy wyposażenia dawnych łazienek i toalet, archiwalne zdjęcia i dokumenty.
Jedną z atrakcji Muzeum Wodociągów przy ul. Filareckiej jest udostępniony zwiedzającym taras widokowy na szczycie 45-metrowej wieży (najwyższego powszechnie dostępnego punktu w mieście). Po pokonaniu niemal 170 stopni można podziwiać – także przez lunety – panoramę Bydgoszczy. Osoby starsze i niepełnosprawni, taki widok mogą oglądać na ekranie telewizora na parterze wieży.
W obu muzealnych obiektach zainstalowano multimedialne infokioski, z cyfrowo zapisanymi informacjami o wodzie i wodociągach. Prezentowane są na nich filmy przedstawiające: historię wody, sposoby jej pozyskiwania i wykorzystywania od czasów starożytnych po współczesność, historię bydgoskich wodociągów oraz animacje obrazujące: obieg wody w przyrodzie, przebieg procesów technologicznych pobierania wody głębinowej i powierzchniowej, jej oczyszczania i uzdatniania.
W zabytkowych wnętrzach neogotyckich: Hali Pomp i Wieży Ciśnień prowadzona jest także działalność kulturalna, występy muzyczne, teatralne, wystawy plastyczne. Możliwe jest również organizowanie konferencji naukowych, sympozjów i innych spotkań.
Placówka powstała w ramach unijnego projektu Ścieżka edukacji ekologicznej na bazie zabytkowych obiektów Hali Pomp i Wieży Ciśnień – Muzeum Wodociągów, realizowanego w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Kujawsko-Pomorskiego na lata 2007-2013.
